Гюнтер Прин родился в 1908 в городе Любек. Его семья еле сводила концы с концами. В 15 лет Гюнтер ушёл из дома, чтобы зарабатывать на жизнь самому. Он вступил в самостоятельную жизнь в эру ужасного кризиса, когда одни доллар США стоил 4200000000000. Работая гидом, Гюнтер мог оплачивать обучение в морской школе в Гамбург-Финкенвердере, называвшейся "фабрикой моряков". Здесь он приобрел основы морских знаний. Затем Прин устроился юнгой на пороход "Гамбург". Во время зимнего шторма судно затонуло, но Гюнтер смог доплыть до берега. В течение долгого времени Гюнтер работал на разных судах, повышая свои навыки. Торговый флот был разорен великой депрессией. Двадцатичетырехлетний капитан был вынужден завербоваться в Добровольную трудовую армию. Теперь он имел крышу над головой и пищу, но не получал никаких денег. Когда Прин узнал, что ВМФ набирает для пополнения резерва офицеров торгового флота, то не стал медлить с решением. В январе 1933 года Прин в качестве рядового (не смотря на опыт) матроса начал службу в Кригсмарине.

Он  пошёл в школу подводников, где познакомился с Веренером Хартманом, командиром U-26, взявшим его к себе. Эта подводная лодка принимала участие в гражданской войне в Испании. В 1938 году Гюнтер Прин окончил курсы командиров-подводников и получил под командование U-47.

Во время маневров в Бискайском заливе Прин отличился и обратил на себя внимание Карла Деница. 5 сентября 1939 года Прин потопил свой первый корабль - французский пароход. За ним Прин пустил на дно британские торговые суда "Рио Клара" и "Гэртэвон". Редер наградил его Железным крестом 2-го класса. 1 октября Прина вызвали на плавбазу "Вейхзель", стоявшую на рейде Киля, где он встретился с капитаном цур зее (капитан первого ранга) Деницем, который предложил Гюнтеру атаковать Спапа Флоу и потопить корабли, стоящие там на якоре.

Прин не знал, что и сказать. Эта база считалась главным объектом Home Fleet'а. Здесь кайзеровские офицеры затопили Атлантическую эскадру. Победа, одержанная в таком месте, воодушевила бы рейх. Кроме того, во время первой мировой войны двум германским субмаринам удалось проникнуть в Скапа Флоу через заградительные сети, и больше их никто не видел. Но Дениц имел информацию от капитана торгового судна, который за несколько недель до этого побывал в порту Керкуэлла, расположенного севернее Скапа Флоу, где слышал, что англичане перестали следить за восточным входом в пролив. Аэрофотосъемка подтвердила это сообщение. В противолодочных заграждениях был проход шириной 17 метров, через который опытный командир мог провести в гавань Скапа Флоу подводную лодку.

На следующий день Прин доложил Деницу, что готов провести атаку. Задание было назначено на ночь с 13 на 14 октября.

Утом 13 октября Прин совершил погружение и сообщил экипажу его задачу. Несмотря на очевидную опасность моряки с энтузиазмом встретили его слова. В 7.15 вечера Прин всплыл и увидел, что небо освещено сполохами северного сияния. Подавив ругательства, он решил действовать.

Медленно, преодалевая встречное течние, едва избежав столкновения с ограждением, U-47 прокралась в Скапа Флоу. В 0.58 Прин увидел линкор "Роял Ок" и старый авианосец "Пегасус" и с расстояния 4 тыс. ярдов выпустил 4 торпеды. Только одна из них сработала у линкора. Но никакой реакции со стороны англичан не последовало. Они решили, что взрыв произошёл внутри.

В 1.16 Прин провёл вторую атаку, выпустив  по "Роял Ок" ещё 4 торпеды. Две из них взорвались и сдетанировали артиллерийские погреба. Прогремел взрыв, и линкор через 23 минуты затонул, унеся с собой жизни командующего Home Fleet адмирала Блэнгроува и 832 членов экипажа. А незамеченная U-47, не погружаясь, в 2.15 прошла через проход в противолодочном загорождении и вышла в открытое море.

Когда U-47 в сопровождении двух эсминцев вошла в Вельгельмсхафен, ее встречала ликующая толпа. Каждый из экипажа получил Железный крест 2-го класса. Прин должен был лично доложить фюреру о ходе операции. В полдень в Вильгельмсхафене приземлились FW. 200 и Ju. 52 - личные самолеты Гитлера, доставившие весь экипаж U-47 в Берлин. Гитлер принял их в рейхсканцелярии и наградил Прина Рыцарским крестом. Вечером в Винтергантер Театре моряков принимал Геббельс.

Прин стал кумиром рейха. В конце 1939 года моряки нарисовали на боевой рубке быка, и Прина стали называть "Быком Скапа Флоу".

В середине ноября U-47 вышла в Северную Атлантику. Восточнее шотландских островов его субмарина торпедировала британский крейсер "Норфолк". Гюнтер посчитал, что корабль тонет, но торпеда взорвалась в кильватере крейсера. U-47 немедленно погрузилась. В течении нескольких часов ее бомбили три эсминца. Через 5 дней Прин торпедировал большой пассажирский пароход. Следующей целью Прина стал полностью загруженный танкер. На следующий день на дно пошел еще один танкер. Следующему кораблю удалось избежать гибели - торпеда прошла мимо.

Из-за повреждений, нанесенных ей льдами и взрывами глубинных бомб, до марта 1940 года U-47 ремонтрировалась в доках. Во время Норвежской кампании его экипаж познал все "прелести" торпедного кризиса (на вооружение поступили плохие торпеды).

Июнь 1940 года стал одним из самых удачных для германских подводников месяцем. Объединенными усилиями Кригсмарине и Люфтваффе потопили 140 судов (585496 т). Из них 10% принадлежит Прину. Общий тоннаж потопленных им кораблей составил 66587. Вторым в этот месяц стал Энгельберт Эндрас (бывший старпом Прина), потопивший 54000 т.

Период с июня по октябрь стал звездным часом для германских субмарин. Лучшим стал Прин, потопивший 200000 т и ставший пятым германским офицером, получившим Дубовые Листья к Рыцарскому кресту. В ночь с 17 на 18 октября Прин во главе "волчьей стаи" из 4 лодок напал на британский конвой. В результате британцы потеряли 8 судов. Все подлодки остались целы.

Им было потоплено много кораблей. Но военная удача изменила ему. 8 марта 1941 года он и ещё три лодки атаковали конвой ОВ-293. Потери были велики. Лодка Ханса Экррмана была сильно повреждена и вынуждена была уйти. Иохим Мац затопил свою U-90. Даже U-91 под командованием Отто Кречмера пришлось уходить от кораблей эскорта. Упрямый Прин продолжал атаки. Но погода вдруг улучшилась, и лодка оказалась на виду у эскорта. Сильно повреждённая, уже вечером, U-47 погрузилась. Больше она не всплыла. Взрыв глубинной бомбы разорвал лодку - никто не выжил. Прин посмертно был произведён в фрегатенкапитэны(капитан второго ранга).