До 1938 года основными подразделениями были авиаэскадрильи. Авиаэскадрильи входилив в состав авиабригад. В последствии авиабригады были распущены и вместо них созданы авиаполки. Полк как правило состоял из четырех или пяти авиаэскадрилий. В свою очередь эскадрилья включала в себя три или четыре звена состоявших из трех самолетов. Позднее входе войны более эффективным были (из опыта Люфтваффе) признано звено из четырех самолетов (две пары). Структура и размер полка был примерно аналогичен немецкому Ягдгруппе Люфтваффе. В состав полка входило примерно 40 самолетов. Авиадивизия (у немцев – эскадра – Ягдешвадер) в свою очередь состояла из 3 полков численностью до 124 самолетов. Две или три дивизии образовывали авиационный корпус.
Подчинение ВВС во время войны осуществлялось следующим образом:
Крупная реорганизация ВВС была проведена в мае 1942 г. Она коснулась в основном фронтовой и армейской авиации, которая была разбита на отдельные воздушные армии. Дивизии армейской авиации были ликвидированы, расформировались корпуса авиации дальнего действия, создавались полки сокращенного состава – по 20 самолетов. В каждом из фронтов было по несколько воздушных армий с самолетами всех типов. Обычно воздушная армия включала в себя боевой состав от 3 до 4 авиадивизий (800–1000 самолетов в 1942–1943 гг. и до 2500–3000 в 1944–1945 гг.). В ходе войны численность воздушных армий достигла 18, а в некоторые из армий входило до 13 авиадивизий. Новая система оказалась гораздо более эффективной и позволяла оперативно перебрасывать крупные авиационные соединения на наиболее важные участки.